Η Νέα Σαλαμίνα μαζί με άλλα αριστερά σωματεία που ιδρύθηκαν την ίδια περίοδο, προσπαθούσαν για τρία συνεχόμενα χρόνια να πείσουν την ΚΟΠ να τα δεχθεί ως μέλη της, αλλά η ΚΟΠ απέρριπτε το αίτημα τους. Έτσι, τα αριστερά σωματεία προχώρησαν στην ίδρυση μιας νέας ποδοσφαιρικής ομοσπονδίας της Κυπριακής Ερασιτεχνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας (ΚΕΠΟ), το Δεκέμβριο του 1948. Η νέα ομοσπονδία, που διοργάνωνε πρωταθλήματα και κύπελλα, έγινε αφορμή για να στραφούν στα γήπεδα χιλιάδες νέοι φίλαθλοι. Οι αγώνες του πρωταθλήματος της ΚΕΠΟ προσέλκυαν πολύ περισσότερους φιλάθλους από αυτούς της ΚΟΠ. Στην ΚΕΠΟ συμμετείχαν έξι ομάδες: η Νέα Σαλαμίνα με έδρα την Αμμόχωστο, η Ομόνοια και ο Ορφέας με έδρα τη Λευκωσία, η Αλκή με έδρα τη Λάρνακα, ο ΑΜΟΛ με έδρα τη Λεμεσό (που το 1951 μετονομάστηκε σε Ανταίο) και ο Νέος Αστέρας με έδρα τη Μόρφου.
Η ύπαρξη δύο ποδοσφαιρικών ομοσπονδίών και η διεξαγωγή δύο πρωταθλημάτων σε μια μικρή χώρα, όπως η Κύπρος, ήταν κάτι το πρωτοφανές. Δημιουργούνταν προβλήματα οικονομικά και γηπεδικά. Ο διαχωρισμός αποτελούσε τροχοπέδη στις προοπτικές για πρόοδο και ανάπτυξη του κυπριακού ποδοσφαίρου. Επιπρόσθετα, τα σωματεία θεωρούσαν ότι το πνεύμα του αθλητισμού είναι η συναδέλφωση και φιλία και όχι διαχωρισμός και διακρίσεις.
Το καλοκαίρι του 1953, όλοι σχεδόν οι κορυφαίοι αθλητικοί παράγοντες της εποχής τάσσονταν υπέρ της ενοποίησης του κυπριακού ποδοσφαίρου. Τον Αύγουστο του 1953 η Νέα Σαλαμίνα, η Ομόνοια, η Αλκή και ο Ανταίος υπέβαλλαν κοινή αίτηση στην ΚΟΠ για εγγραφή στη δύναμη της ως σωματεία Α΄ κατηγορίας. Τον επόμενο μήνα, στις 19 Σεπτεμβρίου 1953, η ΚΟΠ έκανε δεκτή την αίτηση της Νέας Σαλαμίνας, της Ομόνοιας και του Ανταίου για ένταξη τους στην ΚΟΠ. Η ενοποίηση του ποδοσφαίρου ήταν γεγονός. Η πολεμική όμως της ΚΟΠ προς τα σωματεία αυτά συνεχίστηκε. Απέρριψε την αίτηση της Αλκής, του Ορφέα και του Νέου Αστέρα Μόρφου (τα δύο πρώτα εντάχθηκαν ένα χρόνο αργότερα), ενώ επικαλούμενη το καταστατικό της, υποστήριξε ότι μια ομάδα έπρεπε να συμμετάσχει στο πρωτάθλημα Α΄ κατηγορίας και οι άλλες δύο στην. Οι ομάδες της ΚΕΠΟ αποδέχτηκαν τις προϋποθέσεις αυτές με σκοπό να επιτευχθεί τελικά η ενοποίηση. Σε ειδική συνεδρία της ΚΕΠΟ αποφασίστηκε να ενταχθεί στην Α΄ κατηγορία η Ομόνοια και στη Β΄ κατηγορία η Νέα Σαλαμίνα και ο Ανταίος. Μετά τις εξελίξεις αυτές, η ΚΕΠΟ αυτοδιαλύθηκε.
Η Νέα Σαλαμίνα αγωνίστηκε στην Β’ κατηγορία της ΚΟΠ για 2 χρονιές πετυχαίντοντας την άνοδο της στην Α’ κατηγορία την περίοδο 1955-56. Έκτοτε καθιερώθηκε στα σαλόνια των μεγάλων της ΚΟΠ. Στο πρώτο επίσημο παιχνίδι στην Α’ κατηγορία, η Νέα Σαλαμίνα πέτυχε ιστορική νίκη απένταντι στην Ανόρθωση με 3-2, που ήταν και η πρώτη νίκη απέναντι στην συμπολίτιδα απο την ίδρυση της Νέας Σαλαμίνας.
