Την περίοδο 2009-10 διαβαθμίστηκε και πάλι στην Β΄ κατηγορία. Αυτή ήταν και η τελευταία διαβάθμιση για την ομάδα μέχρι και σήμερα. Στις περιόδους που ακολούθησαν, η Νέα Σαλαμίνα κατάφερε να σταθεροποιηθεί στην Α’ Κατηγορία, ενώ πέτυχε και την είσοδο της στο A’ όμιλο. Την περίοδο 2011-12, τερμάτισε στην 7η θέση. Την περίοδο 2012-13, τερμάτισε στην 11η θέση με αποτέλεσμα να αγωνιστεί σε μονό αγώνα μπαράζ σε ουδέτερο στάδιο με την 4η ομάδα της Β΄ κατηγορίας, με τη νικήτρια να εξασφαλίζει συμμετοχή στην Α΄ Κατηγορία 2013-14. Η Νέα Σαλαμίνα κέρδισε με 3-0 και παρέμεινε στην Α΄ κατηγορία. Την περίοδο 2013-14 η ομάδα τερμάτισε στην 7η θέση, έπειτα από μια καλή αγωνιστική παρουσία. Μάλιστα ισοφάρισε το ρεκόρ νικών της (17) από την περίοδο περίοδο 1994-95.
Την περίοδο 2015-16 τερμάτισε στην έκτη θέση στην Α΄ φάση του πρωταθλήματος με αποτέλεσμα στη Β΄ φάση να συμμετάσχει για πρώτη φορά…
…στον Α΄ όμιλο μέσα από τον οποίο αναδεικνυόταν η πρωταθλήτρια ομάδα και οι ομάδες που θα εκπροσωπούσαν την Κύπρο στις διοργανώσεις της UEFA. Η ομάδα τερμάτισε στην έκτη θέση. Επιπρόσθετα, ο ποδοσφαιριστής της Νέας Σαλαμίνας Ντίμιταρ Μακρίεφ αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος με 19 γκολ. Ήταν η τρίτη φορά που ποδοσφαιριστής της Νέας Σαλαμίνας έφτανε σε αυτό το επίτευγμα.
Τις περιόδους 2016-17 και 2017-18 τερμάτισε στην πρώτη θέση του Β΄ομίλου μένοντας μακρία απο την ζώνη της διαβάθμισης. Την περίοδο 2018-19 συμμετείχε για δεύτερη φορά στον Α΄ όμιλο. Η ομάδα τερμάτισε στην πέμπτη θέση της βαθμολογίας, η οποία ήταν η υψηλότερη θέση της ομάδας μετά την περίοδο 1999-2000.
