Μετά την ενοποίηση του κυπριακού ποδοσφαίρου το 1953, η Νέα Σαλαμίνα εντάχθηκε στη Β΄ κατηγορία της ΚΟΠ. Την πρώτη ποδοσφαιρική περίοδο, 1953-54, ο στόχος της Νέας Σαλαμίνας ήταν η άνοδος στην Α΄ κατηγορία. Η Νέα Σαλαμίνα τερμάτισε δεύτερη, χάνοντας την ευκαιρία να διεκδικήσει την άνοδο.
Την επόμενη αγωνιστική περίοδο, στέφθηκε πρωταθλήτρια της Β΄ κατηγορίας και συγχρόνως διασφάλισε την άνοδό της στην Α΄ κατηγορία. Την ίδια περίοδο, η Νέα Σαλαμίνα πέτυχε ιστορική νίκη στο κύπελλο Κύπρου 1954-55, αποκλείωντας μια από τις ισχυρότερες ομάδες της εποχής, τον ΑΠΟΕΛ, με νίκη 3-2 μέσα στο ΓΣΕ. Παρόμοια επιτυχία είχε 57 χρόνια μετά, την περίοδο 2001-02 και αφού αγωνιζόταν στη Β΄ κατηγορία, απέκλεισε και πάλι τον μετέπειτα πρωταθλητή ΑΠΟΕΛ εκτός έδρας με 1-0, στο ΓΣΠ.
Ιστορική αποτελεί η περίοδος 1955-56 καθώς ήταν η πρώτη φορά που η Νέα Σαλαμίνα συμμετείχε στην Α΄ κατηγορία, πραγματοποιώντας αξιόλογη πορεία ως νεοφώτιστη στην κατηγορία, κατακτώντας την τρίτη θέση. Αυτή είναι και η καλύτερη θέση που έχει κατακτήσει στην ιστορίας της, θέση που κατέκτησε τέσσερις φορές. Αξιοσημείωτο της περιόδου αυτής ήταν και η νίκη στην πρεμιέρα του πρωταθλήματος απέναντι στην Ανόρθωση στο ΓΣΕ. Η νίκη αυτη αποτελεί την πρώτη της στην Α΄ κατηγορία και πρώτη επί της Ανόρθωσης.
Περι τα τέλη της δεκαετίας κάνουν την εμφάνιση τους με την πρώτη ομάδα νεαρά ταλέντα, όπως ο Μιχάλης Ορφανίδης και Σοφοκλής Κότροφος, που έμελλε να γράψουν την δική τους ιστορία με τα ερυθρόλευκα χρώματα στα χρόνια που θα ακολουθούσαν. Τέλος, στην χρονιά 1959-60, αναλαμβάνει προπονητής ο Νικής Γεωργίου ο οποίος αποτέλεσε ενα τεράστιο και ξεχωριστό κεφάλαιο για την Νέα Σαλαμίνα.
