Οι πρώτες χρονιές της δεκατίας του ’70 ήταν κακές για την Νέα Σαλαμίνα. Τις δύο πρώτες αγωνιστικές περιόδους τερμάτισε στο μέσο του βαθμολογικού πίνακα, ενώ τις επόμενες δύο κινδύνεψε με υποβιβασμό που τελικά απέφυγε με προσπάθεια προς το τέλος των περιόδων. Η περίοδος 1973-74 μπορεί να χαρακτιριστεί ως εφιαλτική αφού η ομάδα ήταν στην μεγαλύτερη διάρκεια της περιόδου στην τελευταία θέση του βαθμολογικού πίνακα, ένεκα και των πολλών αποχωρήσεων πρωτοκλασάτων ποδοσφαιριστών την περίοδο εκείνη. Στο κύπελλο η ομάδα δεν είχε επίσης καλή πορεία αφού αποκλείστηκε απο την Αλκή με 3-0. Αυτό έμελλε να είναι το τελευταίο παιχνίδι της Νέας Σαλαμίνας στο στάδιο ΓΣΕ. Ακολούθησε η τουρκική εισβολή στην Κύπρο και η κατάληψη της Αμμοχώστου στις 14 Αυγούστου 1974. Αυτή καταγράφεται ως η τραγικότερη ημέρα στην ιστορία του σωματείου που οδηγεί στην προσφυγοποίηση της ομάδας. Οι φίλαθλοι και οι ποδοσφαιριστές του σωματείου διασκορπίστηκαν σε όλες τις ελεύθερες περιοχές της Κύπρου αλλά και στο εξωτερικό.
Μετά τους δύσκολους πρώτους μήνες της προσφυγιάς, τον Οκτώβριο του 1974 αποφασίστηκε η επαναδραστηριοποίηση του σωματείου στην Λάρνακα, όπου εκεί βρίσκονταν οι περισσότεροι ποδοσφαιριστές της ομάδας. Ως οίκημα, η Νέα Σαλαμίνα χρησιμοποίησε προσωρινά στο οίκημα της Αλκής ενώ απο τον Ιανουάριο του 1975 απέκτησε δικό της οίκημα, με ενοίκιο. Οι περιόδοι της δεκαετίας που ακολούθησαν ήταν πολύ δύσκολες λόγω των τεράστιων προβλημάτων που δημιούργησε η προσφυγιά. Η ομάδα στερούσε μόνιμης έδρας ενώ τα αγωνιστικά προβλήματα την υποχρέωναν στο αγώνα για επιβίωση και παραμονή στην Α΄ κατηγορία. Η παραμονή στην Α΄ κατηγορία είχε επιτευχθεί μέχρι το 1979. Ωστόσο, την περίοδο 1978-79, παρόλο που είχε καλό ξεκίνημα, Νέα Σαλαμίνα υποβιβάστηκε την τελευταία αγωνιστική στη Β΄ κατηγορία, μετά από 25 συνεχή έτη παρουσίας στην πρώτη κατηγορία.
