Η Νέα Σαλαμίνα φέρει το όνομα της αρχαίας πόλης της Κύπρου Σαλαμίς. Το αρχαίο όνομα “Σαλαμίς” προέρχεται απο τη ρίζα Σαλ = άλας, δηλαδή το αλμυρό νερό, και το -άμις που σημαίνει στη μέση. Μια φούχτα γης δηλαδή στη μέση του θαλασσινού νερού. Το έμβλημα της Νέας Σαλαμίνας καταγράφει το σχήμα μιας ασπίδας όπου σε ερυθρόλευκο φόντο υπάρχουν οι πέντε κύκλοι της ολυμπιακής σημαίας, το σύμβολο του ολυμπιακού πνεύματος.
Οι πέντε κύκλοι παραπέμπουν στην οικομενικότητα και την παγκόσμια ενότητα των ηπείρων και των λαών της ανθρωπότητας. Στο φόντο των ολυμπιακών κύκλων, υπάρχουν εννιά στήλες (5 λευ κές και 4 κόκκινες) που εναλλάσσονται συμμετρικά στο έμβλημα.Το λευκό χρώμα προσδίδει φωτεινότητα, συμβολίζοντας την αγνότητα και την καθαρότητα. Το κόκκινο χρώμα παραπέμπει στη φωτιά και την καθαρτική της ιδιότητα, στον έρωτα και το χρώμα της καρδιάς και του αίματος. Συμβολίζει τον θυμό και την ορμή της επανάστασης, το πάθος, τη δράση και την ενεργητικότητα που ταυτίζονται πλήρως με την ανάγκη των αδικιμένων, των μη προνομιούχων ανθρώπων της πόλης και επαρχίας Αμμοχώστου στην πάλη για κοινωνική δικαιοσύνη.
Τα πρώτα χρώματα της Νέας Σαλαμίνας ήταν το κίτρινο και το βυσσινί.Με αυτά αγωνίστηκε για δύο χρόνια στο πρωτάθλημα της ΚΕΠΟ. Μετά το 1950 το διοικητικό συμβούλιο αποφάσισε την καθιέρωση του ερυθρόλευκου χρώματος. Η εισήγηση στηριζόταν στη σκέψη πως το κόκκινο συμβολίζει τη δύναμη, τον αγώνα και την αυτοπεπήθηση. Το άσπρο την ειρήνη, την αλληλεγγύη και την ευγενή άμιλλα.
