Η δεκαετία του 2000 ξεκίνησε ιδανικά για την Νέα Σαλαμίνα αφού την περίοδο 1999-00 τερμάτισε στην τέταρτη θέση και εξασφάλισε τη συμμετοχή της στο Ιντερτότο. Παρόλ΄ αυτά, η συνέχεια υπήρξε δύσκολη για την Νέα Σαλαμίνα αφού διαβαθμίστηκε τρεις φορές. Την περίοδο 2000-01 η Νέα Σαλαμίνα βρέθηκε στη 12η θέση που οδηγούσε στη Β΄ κατηγορία. Παρά την διαβάθμιση, η Νέα Σαλαμίνα καταφέρνει να περάσει στον Κυπέλλου Κύπρου, αφού απέκλεισε την ΑΕΚ στα προημιτελικά και τον ΑΠΟΕΛ στα ημιτελικά. Στον τελικό της 12ης Μαΐου 2012 (μια μόλις εβδομάδα μετά την τελευταία αγωνιστική και τον υποβιβασμό) έχασε από τον Απόλλωνα στο νέο ΓΣΠ με 1-0. Η Νέα Σαλαμίνα έγινε η πρώτη ομάδα στο κυπριακό ποδόσφαιρο που ενώ είχε υποβιβαστεί αγωνίστηκε στον τελικό του κυπέλλου Κύπρου.
Την περίοδο 2001-02 αναδείχθηκε πρωταθλήτρια και επέστρεψε στην Α΄ κατηγορία. Αξιοσημείωτος είναι ο αποκλεισμός του μετέπειτα πρωταθλητή ΑΠΟΕΛ από το κύπελλο 2001-02, σε νοκ-άουτ αγώνα, στην έδρα του αντιπάλου. Ήταν η δεύτερη πρόκριση επί του ΑΠΟΕΛ σε διάστημα λίγων μηνών. Στο κύπελλο Κύπρου έφτασε μέχρι τα προημιτελικά. Την περίοδο 2002-03 διαβαθμίστηκε και πάλι στη Β΄ κατηγορία για να επιστρέψει και πάλι ως πρωταθλήτρια. Την περίοδο 2004-05 τερμάτισε στην έκτη θέση του πρωταθλήματος. Την περίοδο αυτή χρησιμοποίησε ως έδρα το στάδιο Αντώνης Παπαδόπουλος και σε δύο παιχνίδια το Μακάρειο Στάδιο, λόγω απαγόρευσης χρήσης της δικής της έδρας, για την οποία απαιτούνταν βελτιωτικά έργα.
Την περίοδο 2005-06 επέστρεψε στο στάδιο Αμμόχωστος, τερματίζοντας και πάλι στην έκτη θέση. Την περίοδο 2006-07 τερμάτισε στη 10η θέση και την περίοδο 2007-08 στην 13η με αποτέλεσμα να υποβιβαστεί και πάλι στην Β΄ κατηγορία. Μετά από ένα δύσκολο πρωτάθλημα στη Β΄ κατηγορία 2008-09, επέστρεψε στην Α΄ κατηγορία, κερδίζοντας στο τελευταίο παιχνίδι τον Ολυμπιακό και την άνοδο, και αφήνοντας τον αντίπαλο της στη Β΄ κατηγορία.
